Den sterke surheten i mageinnholdet gjør magen til et spesielt fiendtlig miljø for virus og bakterier. Bare en art, Helicobacter pylori, klarer å overleve stabilt og kolonisere den menneskelige mageslimhinnen. For resten blir de fleste inntatte mikroorganismer raskt ødelagt innen få minutter.
Flere in vitro-studier har vist at pH-verdien for en bred og effektiv bakteriedrepende aktivitet må være spesielt lav. Spesielt dreper en pH som er lik eller mindre enn 2, 0, alle bakterier; Imidlertid er en lignende surhet tilstede i magen bare i faste forhold, mens etter måltider øker forekomsten av mat (det viktigste kjøretøyet som bakteriene trenger inn i magen) midlertidig opp pH til verdier på 4-5.
Det er også nødvendig å vurdere tidsfaktoren, da jo lavere pH og mindre tid er nødvendig for å oppnå en fullstendig bakteriedrepende virkning, og omvendt. Imidlertid har pH-verdier over 3, 5 en meget lav bakteriedrepende effekt, mens en pH over 4 har en null bakteriedrepende effekt.
Nylig vitenskapelig dokumentasjon viser hvordan bakteriedrepende aktivitet bestemmes - i tillegg til magesyre - også av pepsin (et proteolytisk enzym involvert i proteinfordøyning). Visse antibiotiske aktiviteter utøves også av visse enzymer som er tilstede i magesaft, som defensiner og laktoferrin.
På mikrobiell front kan overlevelsen av de forskjellige mikroorganismer mot bakteriedrepende aktivitet av magesaft bli favorisert av forbindelsen med noen matbestanddeler; for eksempel har det blitt vist at virulensen av salmonella er klart overlegen når den blir introdusert i fordøyelseskanalen med proteinfôr (for eksempel egg eller kjøtt) forurenset.
Selv om bruk av antacida legemidler eller protonpumpehemmere, som reduserer gastrisk pH, fremmer det klart at bakterier overlever i magen. Videre øker sannsynligheten for at noen mikroorganismer overlever, ettersom bakteriell belastning (antall bakterier inntatt) øker.
Problemet med toksiner og sporer må også vurderes. Toksiner er stoffer som produseres av bakterier eller deres bestanddeler, noe som kan skape skade (matforgiftning) selv når bakterien blir drept av magesyre. Sporer er i stedet hvilende former hvor noen bakterier trekker seg tilbake når miljøforholdene er ugunstige, bare for å bli reaktivert så snart omgivelsene tillater det; Sporene av Clostridium difficile, for eksempel, overstiger mavesyren intakt og deretter spiser i magen.
I forhold til bakterier har virus generelt større sjanse til å overleve det sure miljøet i magen. Ikke overraskende er virus som tilhører slekten Norovirus (Norwalk virus), Rotavirus, Astrovirus og Adenovirus ofte involvert i utseendet av smittsomme diarréformer (viral gastroenteritt).
