PH i avføringen er normalt nøytral eller litt alkalisk (6, 8 - 7, 5). Mer sure avføring, fysiologiske bare hos nyfødte, kan indikere intestinale infeksjoner (Escherichia coli, Rotavirus) eller fordøyelsessykdommer, slik som laktose eller fettintoleranse (steatorrhea fra bukspyttkjertelinsuffisiens eller biliærstasis).
Hvis pH i avføringen har en tendens til å øke i nærvær av putrefaktiv dysbiose, har den en tendens til å gå ned i nærvær av fermentativ dysbiose, hvis årsaker til opprinnelse er funnet ved overdreven inntak av karbohydrater eller dårlig opptak av det samme (cøliaki) . Selv i nærvær av rikelig lipidinntak, i vegetariske dietter og langvarig fasting, blir pH i avføringen sur.
For å unngå forvrengning av resultatene av undersøkelsen, må avføring ikke forurenses med urin og må raskt avkjøles for å hindre at ammoniakk i urin og putrefaktive bakterier gjør alkalisk pH-verdi alkalisk.