Makrofager er svært differensierte immunceller i ulike kroppsvev, hvor de spiller rollen som "scavengers of the human body". Makrofager konsentrerer hvor det er behov for å eliminere avfall, for eksempel et slag, et vevsbruddsprodukt eller en skadet celle.
Under sin eksistens kan en makrofage eliminere mer enn 100 bakterier, men om nødvendig kan det også fjerne større partikler fra vevet, som for eksempel gamle røde blodlegemer eller nekrotiske nøytrofiler (nøytrofile er en annen type hvite blodlegemer med fagaktivitet)., derfor ligner på makrofager, men de er mindre og mye flere, og de virker fremfor alt på blodnivå). Generelt makrofager absorberer og fordøyer antigener, eller hva som er fremmed for organismen eller er anerkjent som sådan, derfor verdig angrep og nøytralisering. Når antigenene har blitt fordøyd, prosesserer makrofager noen komponenter som eksponerer dem på deres ytre membran knyttet til overflate-reseptorer (MHC-proteiner, kalt "major histocompatibility complex"). Disse kompleksene, som er svært viktige for immunfunksjonen, fungerer som spesielle "antenner" eller "identifiserende flagg" som signaliserer faren for andre immunceller, som krever forsterkninger. Når de dekker denne funksjonen, kalles makrofager antigen-presenterende celler ( Antigen-Presenting Cell ).
I tillegg til å presentere antigen til lymfocytter, frembringer makrofager og separerer et bredt spekter av sekresjonsprodukter (for eksempel noen interleukiner eller TNF-alfa-tumor nekrosefaktor), som tillater kommunikasjon mellom de forskjellige typer lymfocytter; de er derfor i stand til å påvirke migrasjonen og aktiveringen av andre celler i immunsystemet.
Etter at patogenet er blitt transformert til makrofagmat, binder disse cellene seg, omgir det og inkorporerer det, og begrenser det til vesikler som kalles fagosomer. Inne i makrofagen smelter fagosomer sammen med lysosomer, vesikler som er rike på fordøyelsesenzymer og oksydasjonsmidler, som syrehydrolaser og hydrogenperoksid, som dreper og ødelegger det som inngår. Fagolysosomer dannes således, ellers kjent som "damerkamre".
I tillegg til store lysosomer er makrofager markant større enn de andre leukocyttene, Golgi-apparatet og den spesielt utviklede kjernen og rikheten av acto-myosinfilamenter, som gir makrofagen en viss motilitet (migrasjon på infeksjonssteder).