Patogenesen undersøker utviklingen av en sykdom og den kjede av hendelser som er forbundet med den, som trinnvis bestemmer morfofunksjonelle forandringer av cellene og vevene som tilhører de berørte organer. Disse endringene kan skyldes kjemiske, fysiske eller biologiske agenter (virus, bakterier, etc.).
Mens etiologien definerer årsakene, undersøker patogenesen dens konsekvenser.
Ved lesing av medisinske tekster kan vi derfor komme over dem på følgende måter: mikrobiell patogenese, inflammatorisk patogenese, viral patogenese, ondartet patogenese (tendens til en sykdom, generelt svulst, forverres gradvis for å bli potensielt dødelig). Mange sykdommer gjenkjenner ulike årsaksfaktorer (multifaktorisk etiologi) og enda flere er de som er preget av forskjellige evolusjonære mekanismer (multiple patogenese).
