Diagnosen av afrikansk trypanosomiasis må vurderes hos alle personer som har oppholdt seg i områder i Afrika som anses å være i fare for sykdommen.
Den første fasen av sovesyke er vanskelig å diagnostisere, da det forårsaker ikke-spesifikke symptomer, som feber og svakhet. Metoder som brukes for direkte identifisering av trypanosomer inkluderer analyse ved lysmikroskopi av blodprøver (smøre eller tykk dråpe) eller lymfeknude aspirasjon. Andre ikke-spesifikke laboratoriefunn viser pankytopeni, økt VES og PCR og forhøyede IgM-nivåer.
Når parasitten inntar sentralnervesystemet og pasienter begynner å manifestere nevrologiske og psykiatriske symptomer (dårlig motorisk koordinering, desorientering, kramper og søvnforstyrrelser), må diagnosevurderingen kreve analyse av en prøve av cerebrospinalvæske . Undersøkelsen av væsken gjør det mulig å isolere trypanosomer og markere høye nivåer av lymfocytter, totale proteiner, en markert økning i IgM og de karakteristiske Mott-celler (plasmaceller med cytoplasmatiske vakuoler som inneholder immunoglobuliner).
