En inaktivert vaksine innebærer bruk av komplette virus- eller bakteriepartikler, men kjemisk behandlet (for eksempel med formalin eller chelateringsmidler, for eksempel etylenoksid) eller fysisk (med bestråling eller varme), slik at de mister evnen til replikasjon eller å forårsake sykdom.
Sammenlignet med dempede vaksiner har de de viktigste fordelene, stabiliteten og sikkerheten, men de forårsaker vanligvis en lavere immunrespons og for å sikre immunisering, bør flere doser av vaksine gis.
Denne typen immunisering inkluderer Salk's anti-rabies og anti-polyp vacciner.