I tillegg til individuelle beskyttelsesforanstaltninger og luftfartskontrollen, kan japansk encefalitt forebygges ved vaksinering.
Ixiaro-vaksinen, som allerede er godkjent av FDA (Food and Drug Administration) i USA og godkjent av EMEA (European Medicines Agency), administreres intramuskulært i deltoidregionen (overarm), i 2 doser, den andre av som inokuleres 4 uker etter den første. For god aktiv immunisering må vaksinasjonskurset gjennomføres minst en uke før mulig kontakt med det japanske encefalittviruset.
Den japanske encefalittvaksinen anbefales for reisende som holder seg utendørs lenge i endemiske områder, i løpet av sesongen der smitteoverføringen er mest sannsynlig; Det er imidlertid ikke angitt for personer under 18 år, under graviditet og under amming.
