Selv om det i dag kan virke åpenbart, er det åpenbart, for årtusener har ignorert det faktum at mikroskopiske organismer forårsaket visse sykdommer.
Inntil 1600 ble den såkalte spontane generasjons teorien ansett som gyldig, ifølge hvilken noen organismer kan spontant genereres fra ikke-levende materie. Det klassiske eksempelet er at larver, som antas å kunne genereres fra ingenting i et stykke dekomponerende kjøtt.
Den første til å ugyldiggjøre denne teorien var Francesco Redi, personlig lege til storhertugen i Toscana. Redi satte to stykker ferskt kjøtt i to separate beholdere, og la den første åpne og beskytte den andre fra fluer med en netthinne. Etter noen dager la han merke til at bare den åpne beholderen gjennomsøkte larver. Redi viste derfor at larver ikke genereres fra noe annet enn avledet av eggene som ble lagt av fluer.
Eksistensen av mikroorganismer begynte å snakke bare i det attende århundre, takket være studiene av Modenese Lazzaro Spallanzani, som først mente og introduserte i medisinsk litteratur begrepet "germ". Oppdagelsen av bakterier tilskrives imidlertid Antony Leeuwenhoek (1632-1723), en tekstilhandler med lidenskap for mikroskoper.
Leeuwenhoek observerte hvordan han, etter å ha børstet tennene, var "levende vesener" til stede i tartarinnsatsen. Denne oppdagelsen ble muliggjort ved optimalisering av det optiske mikroskopet, som Leeuwenhoek selv hadde bygget, og som senere forbedret seg videre.
Adventen til det moderne mikroskopet åpnet imidlertid nye spørsmål om teorien om spontan generasjon. Fra de første observasjonene syntes det faktisk at den enkle eksponeringen for luft av et organisk stoff førte kort tid til utviklingen av bakterier på overflaten.
Den franske biologen Louis Pasteur grep for å nekte hypotesen om spontan mikrobiell generasjon. Pasteur kokte litt kjøttkraft i en langhalset glassflaske, utstyrt med en spesiell S-formet nebb for å hindre at støv (og bakterier i det) kommer inn. Pasteur observerte at, takket være disse enhetene, ble det ikke generert bakterier i buljongen og at bakteriene derfor ikke genereres spontant.
