For tiden er det ikke tilgjengelig en vaksine eller et legemiddel for profylakse mot afrikansk trypanosomiasis . Forebyggende tiltak er derfor rettet mot å minimere kontakt med ts-fluer.
For det første bør de infiserte områdene unngås. Tsetse fly er mindre aktiv i de varmeste dagene på dagen, men kan angripe hvis irritert. Det skal huskes at dette insektet er tiltrukket av bevegelige gjenstander og lyse eller mørke farger; han kan også stikke med lette klær. Derfor anbefales det å bære skjorter og bukser som dekker leddene så mye som mulig. Spesielt er klær av motstandsdyktig materiale og nøytrale farger som blander seg med miljøet å være foretrukket. Påføring av repellenter på klær kan også være nyttig. Svaner av ts-fluer kan følge flyttbare kjøretøy, så det er å foretrekke å lukke bilvinduene for å hindre dem i å invadere hytta.
Kampen mot vektorinsekteret kan utføres på miljønivå med ødeleggelse av habitater for reproduksjon, bruk av insektmidler og feller (bedre hvis impregnert med permetrin) på skjermsteder for ts-fluer (savanneskrubbe) og vegetasjon langs vassdragene) og behandling av de parasitiserte pasientene (infeksjonskilde for bærerne).
