Helsekontrollen som er etablert for aviær influensa av de kompetente enhetene, er ikke bare knyttet til den økonomiske virkningen som følge av dyreforsøk, men gir også spesielle bekymringer for folkehelsen . Det som er mest bekymret for eksperter er at nye virale subtyper blir i stand til å forårsake sykdom hos mennesker og fremfor alt å bli overført fra person til person. Influensavirus tilhørende type A, faktisk gjennomgår fenomener av genetisk reassortment med høy frekvens; Dette tillater bemerkelsesverdig kapasitet til tilpasning til nye gjester og bestemmer kontinuerlig utseende av nye virale stammer . Disse mutasjonene kan forekomme, for eksempel når et humant virus og et aviært virus "utveksler" sin genetiske arv, eller når viruset går fra en dyreart til en annen (passasjen fra fugler til gris er spesielt farlig). Det er derfor muligheten for at fra en dyrktank kan oppstå et nytt virus for hvilket mennesket er mottakelig (som det skjedde i forrige århundre, for eksempel med spansk fra virus A-H1N1 fra 1919 eller asiatiske fra A-H2N2 av 1957).
Den endelige overføringen mellom mennesker vil tillate sykdommen å spre seg globalt, og dermed forårsake en aviær influensapandemi . For tiden forblir virusene med høyeste pandemiske potensial H5N1 og H7N9 som de fortsetter å sirkulere blant kyllinger og kan forårsake alvorlig sykdom hos mennesker. Andre virusundertyper kan utløse en pandemi, men risikoen regnes som lavere.
