Sannsynligheten for overføring av toxoplasmose til fosteret varierer i henhold til svangerskapstiden hvor moren har kontraktet infeksjonen: risikoen er lav i begynnelsen av svangerskapet og øker med tidenes fremgang. Tvert imot er alvorlighetsgraden av skaden rapportert av barnet større, så snart maternal-føtal overføring skjer. I tilfelle av infeksjon som er kontrahert i den sjette måneden av svangerskapet, kan en spontan abort, for tidlig fødsel eller fødselsfostre gi chorioretinitt, hydrocephalus (eller mikrocefali) og intrakranialkalsifisering. Disse nevrologiske tegnene kan være forbundet med hudutbrudd, atrofi av optisk nerve, nystagmus, gulsott, myokarditt og lungebetennelse.
I tilfelle av sannsynlig og fastslått maternal toxoplasmose fra Toxo-testen, for å vite om Toxoplasma gondii faktisk har krysset plasentale barrieren og smittet barnet, er en amniocentese indikert (ikke før den 15. uke i svangerskapet). Prøven av fostervann tatt under undersøkelsen og utsatt for PCR (polymerasekjedereaksjon) gjør det mulig å bekrefte eventuell tilstedeværelse av parasittenes DNA, og dermed diagnostisere føtale infeksjon. På den annen side kan ekkografisk overvåking vise klare tegn på fosterskader (intrakranialkalkninger, hydrocephalus, hepatomegali, intrauterin vekstretardasjon). Etter fødselen er mistanke om medfødt toksoplasmose bekreftet hovedsakelig ved serologiske undersøkelser og ved tilstedeværelse av tegn på sykdom, som kan vises enda år senere, spesielt i fravær av terapi.
